A Proposta de Curso Novo (APCN) do Curso de Mestrado em Educação do Instituto Federal Catarinense foi aprovada pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) em 06 de dezembro de 2018, durante a 181ª Reunião do Conselho Técnico-Científico da Educação Superior (CTC-ES).

Após a aprovação, a Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós-Graduação e Inovação (PROPI) autorizou o início das atividades do curso a partir de 27 de maio de 2019, conforme Memorando nº 09/2019 PROPI/REIT, de 06 de fevereiro de 2019.

O curso foi reconhecido pelo Ministério da Educação em maio de 2020, por meio da Portaria nº 479, de 13 de maio de 2020.

Posteriormente, em decorrência da Avaliação Quadrienal referente ao período de 2017 a 2020, na qual o Programa foi avaliado de forma parcial, considerando os anos de 2019 e 2020, o curso teve seu reconhecimento renovado pela Portaria MEC nº 398, de 02 de junho de 2025.

Na Avaliação Quadrienal seguinte, referente ao período de 2021 a 2024, divulgada em 2026, o Programa obteve nota 4.