A Apresentação da Proposta de Curso Novo (APCN) do Mestrado em Educação do Instituto Federal Catarinense submetida à CAPES foi aprovada em 06 de dezembro de 2018 na  181ª Reunião do Conselho Técnico-Científico da Educação Superior (CTC-ES).

Com a proposta aprovada pela CAPES, a Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação (PROPI) autorizou o início de funcionamento do curso de Mestrado em Educação a partir de 27 de maio de 2019, através do memorando 09/2019 PROPI/REIT, de 06 de fevereiro de 2019.

Em maio de 2020, o curso foi reconhecido pelo Ministério da Educação através da Portaria n° 479, de 13 de maio de 2020.